서원은 뛰어난 학자들을 배출하여 학문발전에도 많이 기여했다. 그래서 많은 토지와 노비를 하사받고 면세와 면역의 특권까지 받았다. 그러나 세월이 지나면서 본래의 성격이 변질되었다. 지방 유림의 세력기반이자 당쟁의 소굴이 되어간 것이다. 역을 피하려는 자들도 몰려들었다.

게다가 각종 명목을 붙여 백성을 착취하였다. 서원은 어느새 도적의 소굴로 변해 있었다. 세도 정권의 지지기반이 아니었더라도 국가기강을 세우기 위해서는 서원에 철퇴가 가해져야 했다. 그러나 유가의 선현을 모신다는 서원에 누가 감히 손을 댈 수 있었겠는가? 역대 군왕도 이를 장려하지 않았던가?

그러나 대원군은 칼을 뽑았고 과감하게 이를 내리쳤다. 대원군은 나라 안 600여개의 서원을 47개 소만 남기고 모두 허물고, 서원의 유생들을 쫓아버리게 했다. 그동안 질탕하게 특권을 누리던 유림과 사족들에게는 '아닌 밤중에 홍두깨' 격이었다.

대원군은 그들에게 염라대왕이었다. 대원군이 이렇게 과감한 개혁을 단행한 이면에는 나라 경제에 대한 고려도 없지 않았다. 즉 서원이 불법으로 점유한 땅과 노비를 몰수하고 역(役)을 피한 사람들을 추적하자는 목적도 있었다.

서원철폐의 결과 많은 땅과 노비가 환수되니 국가 재정의 확충에도 도움이 되었다. 그러나 유림의 위세와 영향력까지 완전히 사라진 것은 아니었다. 지방유생과 양반들이 대원군의 조치에 앙앙불락하고 있었다. 이들은 바로 대원군의 앞길을 막을 걸림돌이었다.